南方澳居民以捕漁為主， 靠靠海維生 ，1946年居民因感念媽祖顯靈相救， 遂於1950年臘月採南式宮殿造型籌建南天宮媽祖廟，1952年完成大殿，1956年(民國45年)11月18日全廟落成。成為居民信仰的生活中心。


民國40年曾重建，並於民國79年(西元1990)年加以擴建。 宜蘭縣南方澳南天宮金媽祖信徒遍佈全臺，七十九年成立「金媽祖會」,廣邀信眾共籌打造基金， 以203.8公斤純金(價值台幣8千萬)與二十幾名師傅，打造高6尺3吋金媽祖神像，為全台第一個打造金媽祖的廟。經過一年多的設計打造，終於在八十四年九月十日，子時，為這尊金媽祖舉行安座大典，現安於廟的三樓。

七月十四日隨社區旅遊再次拜訪南天宮金媽祖，殿內滿是信徒，目光觸及媽祖聖像，滿心感動，熱淚盈眶，或許與媽祖有特殊因緣，總是特別喜歡親近她，上次來是與父母兄長一家人同來，而今父親已去世一年，祈禱媽祖慈悲，引領我父得生善道。


供奉在二樓的玉媽祖，有五噸重。